El Centro de Formación e Investigación Padre Joaquín (CFIPJ) es un organismo que en permanente sintonía con la identidad institucional y con los retos que la realidad del país plantea. Su misión es dinamizar, orientar y acompañar procesos educativos, con el propósito de generar teoría pedagógica en torno a Modelos Educativos Populares, en el ámbito formal y no formal, apoyar la formación de los equipos nacionales, regionales y zonales de los distintos programas de Fe y Alegría, y ofrecer servicios educativos, tanto dentro como fuera de la institución.
Este centro se fundó en Maracaibo en 1991 y tomó el nombre del Padre Joaquín López López, Fundador y Director de Fe y Alegría en El Salvador, salvajemente asesinado junto con otros cinco compañeros jesuitas y dos mujeres de servicio, el 16 de noviembre de 1989.